3）污染河水和地下水。农村畜禽粪便无人管理随意堆放，在雨季随雨水流入河水，大量沉积最终造成水体污染，藻类大量滋生，水生动物大量死亡，这给养鱼专业户造成了 极大的损失。农村畜禽粪便随雨水下渗进入地下水，有时随地表径流进入井水。畜禽粪便中有毒、有害成分进入地下水中, 使地下水溶解氧含量减少, 水体中有毒成分增多, 严重时使水体发黑、变臭, 造成持久性的有机污染。在我国大多数农村地区村民饮用井水，这直接污染了村民的饮用水，危害人体健康。

（4）污染大气。粪便在未经处理堆放过程中甲烷、有机酸、氨、醇类等二百多种有害成分，污染周围空气。这些污染物除引起不快、产生厌恶感外还对人和动物有刺激性和毒性。影响人的正常呼吸，有时候甚至使人感病，危害人体健康，。